《神探狄仁杰3》分为《凉州案-黑衣社》和《邗沟案-漕渠魅影》两个惊险绝伦、触目惊心的故事组成。故事承接第二部，狄仁杰（梁冠华饰）自连破幽州、并州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇（吕中饰）允准回老家并州修养。然而就像护卫李元芳（张子健饰）所言，这看似颐养天年的平静中却蕴藏着更大的杀机与阴谋。 本部历史侦探悬疑系列电视剧《神探狄仁杰》，已有四部推出，部部故事悬念迭出，情节扣人心弦，《神探狄仁杰5》也即将在2014与观众见面。《神探狄仁杰》系列电视剧不仅融合扑朔迷离的悬疑剧情与恐怖的视觉元素为一身，更加入了李元芳与狄如燕的爱情、狄仁杰与曾泰的师生之情、以及武则天与狄仁杰的君臣际遇等情感戏码，使得本系列电视剧在惊险刺激的段段案件中增添了不少温情色彩。
伊蓝（张昕懿 饰）自幼展露大提琴天赋，因母亲病逝中断学琴。初中时，她被罗宁子的小提琴演奏吸引，考入同一所高中后，却在校乐团选拔中落选。在青梅竹马童小乐（谢彬彬 饰）的鼓励下，伊蓝决心组建自己的三重奏乐团，并向罗宁子发起挑战。伊蓝招募追星少女钢琴手乔萌萌、富二代小提琴手陈凡，克服排练困境，凭真诚与执着，获得了学校认可。而在支持伊蓝追梦的过程中，童小乐也找回了对摄影的热爱，重新审视自己与父母的关系。伊蓝与童小乐携手考入大学，伊蓝以坚韧之心，从迷茫的少女蜕变为勇敢独立的追梦者；童小乐则在师长指引下走上新闻摄影之路，在镜头后凝视人间，也重新审视自我。两人从最初的斗嘴到相互救赎与治愈，最终从青梅竹马的朋友关系发展成为恋人。
一群从小便相识的伙伴在信仰的美德、救赎的可能性与邪恶的困境中挣扎。
1992年，哈尔滨731陈列馆工作人员小金在整理史料时，发现这段历史的记录残缺不全，为寻找真相，他踏上了一场跨越数十年的跨国取证之旅，逐渐还原出那段被尘封的黑暗岁月真相。故事采取双时间线叙事，镜头回到日军侵华期间的哈尔滨，通过几个当事人的视角，深刻揭露日军731部队残酷的人体实验和泯灭人性的暴行，鞭笞日本军国主义的反人类本质，凸显中国人民坚韧的抗争精神。
