小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
那本来是一次寻常无奇的演习，谁知竟遭遇了前所未有的状况。某天，调查兵团104期学员奉命前往40公里外的目的地寻找目标，在交换任务记录后原路返回。稀松平常的旅行，一路炎热干燥，乏然无味。艾伦•耶格尔原打算加快步伐行进，却不得不听从大家的意见缓慢行军，期间还因为猎杀蜥蜴的问题和让发生争吵。与此同时，马可的另一队先行赶到目标地，却发现了盗贼活动的痕迹。夜幕降临，围在篝火旁的艾伦和让继续为了蜥蜴的事情争吵，当大家都进入睡眠中时，一伙蒙面之人却悄悄向他们逼近……
幽静的轻井泽，金田一一（松野太纪 配音）和七濑美雪（中川亚纪子 配音）与邀请他们的好友——经营电脑系统公司井泽研太郎（内山昂辉 配音）会面。井泽的老主顾火祀集团的青龙社长不久前死于列车事故，在他遇难之前，家中用于黑魔法的人偶消失，但事故当天一个断成两截的人偶突然出现， 与社长死状如出一辙。井泽怀疑这是一起杀人事件，于是拜托金田一找出真正的凶手。在神秘的黑魔法公馆中，金田一一行见到了社长的养子晓（及川以造 配音）、九曜（宫野真守 配音）、星子（朴璐美 配音）以及黑魔法师黑瓜鬼门。人人都有嫌疑，人人都有不在场证明，而死亡事件仍在继续…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。
