《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。 个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。
松坂砂糖是一名高一女生，而砂糖与一位叫做神户盐的少女一同居住在公寓当中。 砂糖认为自己在这个世界上最喜欢的人就是盐，为了盐，砂糖还努力的在校外打工赚钱来养活自己和盐。 在打工当中砂糖遇到了表面和善但占有欲极高还克扣工资的女店长，抖M对自己有着非分之想的已婚老师等等，然而松坂砂糖也不是沉默的羔羊，面对社会的残酷她则是以更残酷更冷彻的方式去应对，只为了和盐能够永远在一起。而在街上到处都在张贴着寻找神户盐的寻人启事，砂糖家里也有一个恐怖的房间，放着三个袋子...
