故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
ヒーローにはなれなかった…それでも誰かを救いたい！ 非合法(イリーガル)ヒーローたちによる 等身大の成長物語！ 堀越耕平氏が10年に渡り「週刊少年ジャンプ」で連載、 世界中で爆発的な人気を誇る『僕のヒーローアカデミア』。 その “ヒロアカ”の公式スピンオフシリーズ 『ヴィジランテ 僕のヒーローアカデミア -ILLEGALS-』が、待望のアニメ化！ 脚本：古橋秀之 作画：別天荒人により「少年ジャンプ 」で連載された この作品で描かれるのは、『僕のヒーローアカデミア』の数年前の物語―！ 時代は世界総人口の約8割が超常能力を持つ超人社会。 混乱渦巻く世の中で、事故や災害、そして“個性”を悪用する 敵ヴィランから人々を守る「選ばれし」職業＜ヒーロー＞。 その一方で、「選ばれる」ことはなくとも、目の前の人を救わずにはいられない人々もいる。これは、そんな非合法イリーガルヒーロー《ヴィジランテ》の物語。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。 之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
