故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
NG騎士ラムネ&40 EX后又过了三年，有一晚，马场柠檬在家中觉得无聊时，许久不见的苹果酒突然出现在自己家中让他吓了一跳，这时苹果酒从衣服内拿出一个水晶球，球内放映出黄金、白银毛顿姊妹求救的讯号，希望征求勇士到“帕夫帕夫宫殿”，而这两个“好色”的搭档勇士一定不会放过这个好机会…
秦烈和同伴们继续在秘境神葬场中进行着残酷的试炼。神葬场中危机四伏，秦烈从巫虫的控制中救下洛尘之后，却发现只有打败操控巫虫的黑巫教教主，才能真正拯救洛尘的性命。而在他们前进的道路上，还有野蛮的夷族和能聚引天雷的雷兽在等着他们去挑战。在寒冰禁地，冰灵也睁开双眼，注视着秘境中发生的一切……
