故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突,因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯(Titans)结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段,反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干,港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年(U.C. 0087),前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗,中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场,与奥干、泰坦斯角力周周旋,展开激战。
富野がライフワークとする異世界「バイストン・ウェル」を舞台とする一連の作品の一つであり、アニメ『聖戦士ダンバイン』、小説『オーラバトラー戦記』等と世界設定を共有するが、他の作品とは全く関係しないパラレルワールドであるとされている[1]。また、アニメ版は大筋を小説版の約70年後を舞台としており、関連性はあるものの、小説版の結末で描かれた一部のキャラクターの死が最初から無かった世界のその後という設定になっており、こちらもパラレルワールドという事になっている。 「リーンの翼」とは、作中に登場する、伝説の英雄に現れる光の翼のこと。「リーンの翼」を持つ英雄は本作の主人公以前にも存在し、6500年前よりバイストン・ウェルの世が乱れたときに幾度となく現れ、その都度世界を救ったと言われている。作中では足(靴)に「翼」が現れるが、背中に現れた者もあるらしく、その者によって場所は異なるという。伝説上で最も古い「リーンの翼」の英雄はゼノラーという13歳の少年であったという。