为了调查双胞胎哥哥孙小糊的失踪,孙小涂参加了警队的招新考试,却在考试现场卷入警察局长遇刺事件,幸好有一直以灵魂形态存在的哥哥相助才脱险。而局长遇刺事件也牵扯出以著名脑科医生毕安为首的犯罪集团,他们通过移植承载灵魂的虫体实验,企图控制社会高层,从而掌控城市。这个阴谋被小糊以及女友夏冰警督撞破,小糊失踪之谜也随之解开。因为虫体移植会出现吞噬反应,进行了虫体植入手术的小糊和小涂只能活一个,面对毕安的要挟,小涂选择自杀来复活小糊,却被小糊抢先一步射杀了自己的身体来保全小涂。
1999年, 南斯拉夫。 俄罗斯特遣部队被命令控制科索沃的斯拉蒂纳机场,直到增援部队抵达。但这一战略目标对于阿尔巴尼亚战地指挥官和北约将军来说极为重要。该组织被迫与恐怖分子进行不平等的战斗。俄罗斯维和部队和北约部队正赶往机场。世界再次接近一场大战。但是特别组织的指挥官安德烈 ·沙塔洛夫并不接受政治:在机场,他心爱的女孩亚斯纳是人质之一......
影片开始于两个都叫玛丽的少女(Jitka Cerhová 和 Ivana Karbanová 饰)的对话:没有人理解我们,这个世界上的一切正在变得越来越糟糕。于是两人决定:我们也要变得越来越坏!玛丽一号喜欢和老男人约会,在他们吃饭的时候,玛丽二号会突然出现,旁若无人地大吃特吃。玛丽一号把老男人送上火车,老男人以为她会陪着他,火车开动,她却下了火车。玛丽二号在一个收藏蝴蝶标本的男青年家中,用他的标本遮住自己身体的隐秘部位。她们在夜总会里捣乱,最后被赶走。她们无意中闯入一个没有人的宴会,开始肆无忌惮地享受美食.....本片献给精神生活一团糟的人们。
将施奈德回老家之后,四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人,于是不再想以往一样一起战斗,而是各自在喜欢的领域内钻研,以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”! 这时,纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市,秘密培养了一支远古怪兽组成的军队,加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan,各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动! 神龟们又处于备战状态了!他们再次联合起来,准备向黑暗势力出击!