很久以前,无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日,研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走,人类费尽千辛万苦阻止了暴走,取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们,为了预防敌人再次暴走袭来,而准备了巨大萝卜,并选出战士们进行训练,某日,这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍,就是特命战队Go Buster!! 他们的战斗,现在开始!
住在踯躅台的高中1年级生响裕太,某天醒来后失去了记忆。 之后,裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”,而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。 虽然对这一突发事件感到困惑,裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。 然而,平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。