很久以前,无人居住的山里建立有人类最新的研究中心 某日,研究用的main computer突然拥有自己的意识而暴走,人类费尽千辛万苦阻止了暴走,取回了和平……看起来是这样的 回到和平生活的人们,为了预防敌人再次暴走袭来,而准备了巨大萝卜,并选出战士们进行训练,某日,这一天终于来临了 站在袭来的敌人们面前的队伍,就是特命战队Go Buster!! 他们的战斗,现在开始!
一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时,收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂(Ghost Eyecon)后,来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物,甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身,成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂,投身于影响世界命运的战斗中。