在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
故事发生在一个惟权力与力量至上的江湖中，讲述了多年前，中州的宗帅、北地的完颜藏和南疆的文太极三人争霸天下，因各家损失惨重，便立下二十年休战盟约。眼下二十年之约将至，一轮新的征伐正在暗潮涌动。三家互相猜忌仇视，各自立下“追血令” ，将敌对家族最重要的人物列于名单之上，发誓杀尽对方所有高手，一场惊心动魄的天下大战就此拉开了帷幕！
