小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。 其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
从古至今，人们惧怕黑暗。因为在人们心中，潜藏著名为“阴我”的负面意念，导致魔兽“骇魔”（Horror）得以利用入侵附身。而人类当中有一群人，手持钢铁利剑，一子单传，秘密守护人类不受“骇魔”侵略，他们被称之为“魔戒骑士”，生于黑暗，也隐于黑暗，世代与“骇魔”进行无止境的战争… 立志成为画家的御月薰，即将举行她首次的个展。但她却也梦见了童年时父亲所画的“黄金骑士”绘本，让她非常在意。虽然与心理咨询师龙崎驱音谈过之后，薰总算能安心迎接个展，但画廊老板却突然化为了异形怪物向她袭击。这时，在薰眼前出现了一名身穿白色大衣的神秘青年，并变身打倒了怪物。而他变身后的模样，正巧与绘本中所画的“黄金骑士”如出一辙……
世界闻名的原子物理学家冲田彻夫（二瓶秀雄 饰）在四国山脉某处发现神秘元素“超铀”，该元素蕴含常人难以想象的能量，一旦被恶人利用制造杀人武器，将造成不可估量的后果。在返回东京的途中，冲田教授遭到秘密结社毒蝎帮绑架。得知这一消息的风见志郎（宫内洋 饰）偷偷潜入毒蝎帮所在的无人小岛，救出了教授。伤重不治的教授临死前交代风见去找他的妹妹冲田广子（森桃江 饰）寻找矿藏地图。他们一路前行，谁知毒蝎帮尾随其后。大敌当前，假面骑士V3绝不退缩！关键时刻，连假面骑士1号（藤冈弘 饰）和2号（佐佐木刚 饰）也加入战局…… 本片根据石之森章太郎的漫画原作改编。
