小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
这一切，始于突如其来的退婚……出身武道名门安诺瓦兹公爵家的千金玛丽亚（昵称：咪咪），虽是最小的孩子，却因展现出“武术的才能”而被当作继承人来培养。然而随着弟弟的降生，这个职责突然就卸下了……虽然父亲严令要找个优质金龟婿，可穆罗王国内那些显赫的贵族公子早就名草有主了。走投无路之下，她投奔远房亲戚艾达，前往邻国鲁比尼王国留学并积极相亲。谁知在皇家学院的毕业派对上，素未谋面的雷纳托王子竟当众宣布解除婚约——这桩婚事她压根就不知情！明明连婚约都还没订下，玛丽亚却惨遭悔婚？！她的相亲之路将何去何从？武力派大小姐的爆笑恋爱喜剧正式开演！！
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
