浩瀚的太空，飞行员约翰突遇意外事件，被宇航船抛出，陷入一个奇异的星际轨道。他穿梭1000个星系到达了一个神秘的星球，那里漂浮着地球传说中遥远的“摩亚方舟”飞船，飞船里有来自不同星球的成员，他们都是无家可归的人。约翰决定加入他们，并带领大家寻找地球道路但他们不曾料到，众多 的外星人和外星生物早已对地球航线虎视耽耽。在飞行过程中，“摩亚”遇到了“和平卫士”的追击，双方数次激战，在一次混战中，“和平卫士”首脑克瑞斯痛失弟弟，发誓要用尽一切手段将“摩亚”摧毁变成一屡轻烟与此同时，“摩亚”水晶能量器忽然失踪，约翰断定是内奸所为，决定展开锄奸行动......经过多次交锋，“摩亚”粉碎了克瑞斯阴谋，逃出生天。因核反应堆动力装置破裂。“摩亚”降落在西卡行星上进行紧急维修。无意中，约翰发现了飞船上隐匿已久的危机和一个重大的阴谋......约翰经过一次次战斗的洗礼，逐渐成为一个真正的领袖，而“摩亚”也慢慢聚集了巨大的能量，击退了外星战舰的数次围攻，“摩亚”战士们一步步向地球前进......约翰终于找到了回地球的航线，并成功降落到地球，然而，此时的地球已不再是他们心目中理想的家园......
故事发生在斯雅医学院。斯雅医学院的拍摄地之一是上海同济大学嘉定校区。 姜尚文从小失去父母，他怀着仇恨以优秀生身份进入到斯雅学院求学，在新生开学典礼上，姜尚文充满才情与哲理的演说，深深吸引了同学谢正已的目光。在斯雅学院，姜尚文与学院钟教授女儿钟淑琴成为情侣。毕业前夕，钟教授带领着姜尚文和女儿钟淑琴一直致力于研究的新药配方不慎泄露，钟教授提出辞呈后，自杀身亡。 钟淑琴怀着她与姜尚文的孩子，离开了斯雅学院．．．
