正德十六年,武宗驾崩,朱厚熜即位,建元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻好友吴药师因治错小郡主的病,被关入牢中。吴药师临终托孤,将女儿吴斯语许配给李时珍。长大后李时珍进阳明书院学习,和荆王府世子朱成翊成为同学。朱成翊希望拉拢李时珍为自己所用,却被李时珍严词拒绝。朱成翊遂与李时珍成了死对头。李时珍偶遇一个美丽的少女朱苌葶,却发现她脉象异常,命不久已。李时珍给她治疗多年顽症,两人产生爱慕之情。
“先生”结识并爱上了房东家的小姐,同时也赢得了房东太太的好感,但却因年少时曾受到叔父的欺诈而对他人时存戒心,迟迟不能表白自己的心意。后来,“先生”的好友K住进了房东家里,也爱上了小姐,直率的K向好友“先生"表白了自己的心事,“先生”在表面上批评K“不求上进”,背地里却偷偷地向房东太太提出要和小姐结婚。知道了这一切真相之后的K在绝望中自杀了,同时K的死也留给“先生”一生的不安和自责,婚后的“先生”一直无法忘却K,他的内心无比的寂寞,终于也走上了自杀的道路。本片改编自夏目漱石的同名原著小说。