ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
大千世界，无奇不有。 骊珠洞天中本该有大气运的贫寒少年，因为本命瓷碎裂的缘故，使得机缘临身却难以捉住。基于此，众多大佬纷纷以少年为焦点进行布局，使得少年身边的朋友获得大机缘，而少年却置身风口浪尖之上…
2058年，人们安居乐业，科技高度发展，脑机系统（人脑与计算机互联）早已走入人们的生活。在白洋市一家叫做“绿洲”的脑机系统科技公司，在不断深入研究人脑世界（脑宇宙）时，发现了一种奇怪的症状，他们称之为“蜂群症”。为了遏制“蜂群症”的蔓延，众多平凡英雄前仆后继，一段波澜壮阔的故事就此拉开帷幕。
