ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
神遗大陆，百族争锋，武者为王。姜云曾是皇城天一武府武首，不想被夜天邪废掉武脉，天才变废人，不屈命运时，意外觉醒剑魂骨，在剑道之主剑妙禅的帮助下觉醒万古剑脉，成为凡尘域唯一的超凡剑修。原本打算潜心修行以便早日手刃仇人的姜云，被妻子的青梅竹马凌少风盯上，凌少风联合多个势力对付姜云，姜云为护妻子及唐家周全，奋力抵抗，最后不仅全面瓦解凌少风等恶势力，更揭开灵域企图侵占神遗大陆、灭掉人族的阴谋。为了人族的命运，姜云不得不暂时放下仇恨，与伙伴们携手抵抗灵域的攻击，共同拯救神遗大陆与保护人族。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
