在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。
影片改编自同名网络小说。平凡上班族金独子（安孝燮 饰），唯一嗜好是阅读网络小说《在灭亡的世界中存活的三种方法》，不过在长达十年的连载期间，他却是这个小说的唯一读者。当金独子在地铁车厢读完小说最终话时，小说中的场景却转瞬成为现实。地铁车厢仿佛成为人间炼狱，巨大怪物正践踏着这座城市，以及凭空出现在眼前的讯息：“您收到了第一个主线任务。”紧接着，熟悉的小说角色纷纷登场，而那个无比强大、牵动着整个世界命运的小说主角刘众赫（李敏镐 饰），开始照着剧情一一行动。眼看熟悉的世界将不复返，一个崭新的世界正在诞生，身为唯一知晓这个新世界结局的金独子，将在升级自身能力的同时，打造出与原本小说截然不同的结局。
哲学系学生肖墨到殡仪馆实习，试图探寻“生死”答案，却遭遇导师陈辉离奇死亡。村里流传一口“应声井”可让人起死回生。陈辉之子死于事故后，陈辉在古井许愿，次日离奇失踪。肖墨随神秘殡葬师老白头返村调查，老白头
春日部防卫队在“春日部儿童娱乐节”舞蹈比赛中，获得胜利，他们因此得到了前往印度的机会。在尽情享受印度旅游的过程中，小新和阿呆进入了一家神秘的杂货店，在那里发现了一个形状像“鼻子”的背包并买下了它。然而，这个背包隐藏着一个非常可怕的秘密。
