在爱人神秘信件的召唤下，詹姆斯（杰瑞米·艾文 饰）重新回到了充满着秘密和诡谲的寂静岭。但当他踏入这座小镇的那一刻却开始了无尽极限逃生模式：永不停歇的防空警报撕裂耳膜，漫天余烬笼罩大地，熟悉的街道扭曲成噬人的迷宫，三角屠夫、无脸血腥护士、未知诡异生物无处不在，步步紧逼。现实与幻象在寂静岭彻底崩塌，詹姆斯一边躲避致命追杀，一边试图用破碎的记忆拼凑出真相。
1970 年，日本一支共产主义组织劫持了一架客机，并将其转向朝鲜平壤。一位代号为“某甲”的神秘人物（身份与背景至今无人知晓）在韩国中央情报部部长朴祥贤的命令下，策划了一场秘密行动，誓要不惜一切代价让飞机安全迫降。空军精英中尉徐高名在毫不知情的情况下被卷入任务，他必须完成几乎不可能的使命：智胜机上劫机者，并在地面上实施“双重劫机”。在一切都悬于一线之际，这场大胆的行动能否成功？
1949年初夏，江南某城市。被解放的民众载歌载舞，欢迎解放军入城。国民党特务陈福堂（白穆 饰）以粮店老板身份蜇伏下来，伺机切断城市粮源，扼杀我新生民主政权。我军副团长田文中（达式常 饰）被委派为粮食采购工作队长，带人深入太平集，依靠地方党组织，发动群众，收购粮食。陈福堂指使山上的土匪武大癞子（程之 饰）四处抢粮，扰乱我军购粮计划，内奸刘志仁（焦晃 饰）向陈福堂出卖情报，致使我运粮船遭土匪袭击。田文中在区委工商联会议上揭露陈福堂破坏购粮计划的险恶用心，刘志仁则极力为陈开脱，田文中将计就计，故意把假情报泄露出来。刘志仁把运粮时间透露给陈福堂，一场引蛇出洞的好戏开场了...... 本片根据孙景瑞同名小说改编。
1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
