在可见的未来,人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”,但是无人知道,那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭,月球在转眼之间被占领,跟着,它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”,经过长达十年的“月世界战争”,成功把可怕的侵略者消灭了,但是…… 早乙女博士以未开发成功的『三一万能侠』迎击反被击溃!一方面博士着手开发『新·三一万能侠』;另一方面,认为必须找到3位合适的驾驶员....
故事发生在秀知院学园之中,只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格,而在学园的学生会中,更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行(古川慎 配音)是学生会的会长,虽然出生在贫穷的家庭之中,但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的,还有副会长四宫辉夜(古贺葵 配音),虽然各方面都属拔尖,但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上,白银和四宫在情感上相互吸引着,只是他们谁都不愿意首先迈出第一步,而是想方设法逼迫对方行动,一转眼半年过去了,两人的关系可谓是毫无进展,这可怎么办呢?