在可见的未来,人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”,但是无人知道,那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭,月球在转眼之间被占领,跟着,它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”,经过长达十年的“月世界战争”,成功把可怕的侵略者消灭了,但是…… 早乙女博士以未开发成功的『三一万能侠』迎击反被击溃!一方面博士着手开发『新·三一万能侠』;另一方面,认为必须找到3位合适的驾驶员....
那本来是一次寻常无奇的演习,谁知竟遭遇了前所未有的状况。某天,调查兵团104期学员奉命前往40公里外的目的地寻找目标,在交换任务记录后原路返回。稀松平常的旅行,一路炎热干燥,乏然无味。艾伦•耶格尔原打算加快步伐行进,却不得不听从大家的意见缓慢行军,期间还因为猎杀蜥蜴的问题和让发生争吵。与此同时,马可的另一队先行赶到目标地,却发现了盗贼活动的痕迹。夜幕降临,围在篝火旁的艾伦和让继续为了蜥蜴的事情争吵,当大家都进入睡眠中时,一伙蒙面之人却悄悄向他们逼近……