为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎,邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国,宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员,于是,她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ(西贝拉)”因为拥有着特殊能力,她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发,她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上,换句话说,她们被强迫保持在了“少女阶段”……
在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”,曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面,在成立了新体制的“CCG”,以旧多二福为中心,不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事,终于迈向最终章——。
进入三月,第三学期也剩下一个月。麻衣的毕业典礼这一天终于来临。 “叔叔,你是谁?” 咲太在七里滨海岸等待麻衣时,酷似童星时代的麻衣的小学生出现在他面前? 另一方面,花枫事件之后就分开住的咲太父亲来电…… “你妈妈说,她想见花枫一面。” 无法接受花枫发生的事件而长年住院的母亲传达“想见她一面”的心愿…… 家人的羁绊,新思春期症候群的征兆──