传说很久以前，瓯江下游龟蛇两精作孽，青了禅师奉诏至此降妖，将两精镇于罗浮山边化作龟山和蛇山。岁月流转，瓯江月色境历经沧桑逐渐失去法力，龟蛇两精想趁此突破封印。这时，小鹿带着小瓯开始了镇妖之路，进入瓯江月色境，重塑“清辉浴光”。
故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶，与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少年的相遇，梦想就此交织，宇宙世纪开启了新的未来......
