在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
电次是个背负了父亲遗留下的庞大债务，因此过着极端贫穷生活的少年，他救了恶魔啵奇塔，并与它一起以恶魔猎人的身份斩杀低阶恶魔来换取酬劳。有一天，流氓骗了电次，让他成为一堆恶魔的祭品，电次在临死之际，啵奇塔牺牲自己，把心脏给了他，让他复活并拥有了恶魔的力量，只要一拉位在心脏那边的链子就能发动。之后电次被公安人员看上，因此成为公安的恶魔猎人……
在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
