在国王军与魔王军交战的数月后,身为国王的女儿兼国王军第三骑士团“骑士团团长”的公主沦为了魔王军的阶下囚!等待公主的是出人意料的重重拷问——!?史上最残酷的拷问时间正式拉开了序幕!
2012年日蚀的一天进行名为“魔宴(Shabbat)”仪式,从而诞生出魔物“魅影(Phantom)”肆虐。 本作主角操真晴人在此仪式中生还,如谜一般的白色魔法使把变身系统Wizard Driver交付给他并变身成为假面骑士Wizard。 从此踏入守护人类及与魔物战斗的命运。
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力, 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天, 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口, 在那里,遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香, 而她竟向优希宣言:「我要你当我的奴隶。」