在一个架空世界里,有一小群秘密存在着的“特殊能力者”,简称特能人。他们不会在普通人面前暴露自己,并通过一个自治组织——异控局,对各种特能造成的非自然事件进行管理,维护社会秩序。然而随着时间推移,特能人之间也出现了立场分化。有人想要守护和平维持平衡,有人想利用特能攫取私利。矛盾,一触即发。
某天,阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时,却得知阿笠博士被人绑架。原来,这只是博士跟大家做的小游戏,在第一关里,他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题,但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示,三人成功找到问题的关键,顺利抵达目的地,等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面,阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸,结果发现司机竟是绑匪,他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真,少年侦探团最终能否成功救出博士呢?