富野がライフワークとする異世界「バイストン・ウェル」を舞台とする一連の作品の一つであり、アニメ『聖戦士ダンバイン』、小説『オーラバトラー戦記』等と世界設定を共有するが、他の作品とは全く関係しないパラレルワールドであるとされている[1]。また、アニメ版は大筋を小説版の約70年後を舞台としており、関連性はあるものの、小説版の結末で描かれた一部のキャラクターの死が最初から無かった世界のその後という設定になっており、こちらもパラレルワールドという事になっている。 「リーンの翼」とは、作中に登場する、伝説の英雄に現れる光の翼のこと。「リーンの翼」を持つ英雄は本作の主人公以前にも存在し、6500年前よりバイストン・ウェルの世が乱れたときに幾度となく現れ、その都度世界を救ったと言われている。作中では足(靴)に「翼」が現れるが、背中に現れた者もあるらしく、その者によって場所は異なるという。伝説上で最も古い「リーンの翼」の英雄はゼノラーという13歳の少年であったという。
平凡小镇,生活在五口之家的普通小学生高町奈叶(田村由香里 配音)与好友月村铃鹿(清水爱 配音)和爱丽莎·巴尼斯(钉宫理惠 配音)过着无忧无虑的生活。这一日,她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚(水桥香织 饰)。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助,谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下,奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女,击败了入侵的怪兽,并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里,她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚,神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈 配音)突然出现,与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……