在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！
小小发明家虹猫与海洋知识专家蓝兔误入 深海，来到了人鱼王国，意外地卷入海底 世界的巨大危机。原来，人类的海上石油 油井发生泄漏，整个海洋生物面临灭顶之 灾。虹猫蓝兔决定和人鱼王子一起，寻找 失落的海洋之心碎片，开启净化之光，拯 救被污染的海洋。他们经历了一场梦幻般 的海底历险记，在危机与考验中成长、蜕 变，他们为陆地人与海底人架起了一座沟 通的桥梁，收获了信任与友谊。
大林郡世家出身的林凡本是得到天骄令的绝世天才，却被未婚妻夺走武魂，沦为废物。当来历莫测的大魔寄生林凡身上，重新激活了他被废的武魂，使他成为稀有的双武魂体质，至此，林凡正式踏上崛起之路，从小小郡城，闯上诸天万界。
