司馬宙はカーレースで瀕死の重傷を負い、父親である司馬博士の技術でサイボーグとして生まれ変る。すでに司馬博士自身は亡くなっているが、その知能と意思の全てが巨大コンピュータの中に収められ、マシンファーザーとして司馬を指導する。司馬博士殺される原因となったのは、彼が発掘した銅鐸が、敵の古代帝国である邪魔台国の重要な秘密を握っていたためだ。それが今、司馬宙の体内に埋め込まれている。その銅鐸を奪うために、古代よりの侵略者、女王ヒミカとその配下たちが操るハニワ幻人が襲来する。卯月美和の乗るビッグシューターから射出されるジーグのパーツと、頭部に変形する宙が合体、鋼鉄ジーグとなって磁力を駆使した戦闘用オプションパーツを使いハニワ幻人を倒し、ヒミカの野望を打ち砕く!
在风之街“风都”,左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后,神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人,都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人,使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W,决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么?假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么?隐含着众多谜题,假面骑士W的战斗拉开帷幕……