故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际,天下公认的领袖——神农帝去世,金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中,少年拓拔野横空出世,在机缘巧合下得到了神农帝临终传承,开始了一段惊心动魄的传奇历程。
故事发生在地处偏远的私立八光学园之中,一直以来,八光学园都以极为严明的校风,以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而,自2011年4月起,学园由单纯的女校改为了男女混校,五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。 各方面都只能用平凡来形容的藤野清志(神谷浩史 配音)、喜欢研究三国志的诸葛岳人(小西克幸 配音)、清志的中学好友若本真吾(铃村健一 配音)、身体虚弱沉默寡言的根津让二(浪川大辅 配音)和抖M宅男安堂丽治(兴津和幸 配音),当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时,等待着他们的竟然是冰冷的铁窗,和来自于里学生会成员们的残酷折磨!
幽静的轻井泽,金田一一(松野太纪 配音)和七濑美雪(中川亚纪子 配音)与邀请他们的好友——经营电脑系统公司井泽研太郎(内山昂辉 配音)会面。井泽的老主顾火祀集团的青龙社长不久前死于列车事故,在他遇难之前,家中用于黑魔法的人偶消失,但事故当天一个断成两截的人偶突然出现, 与社长死状如出一辙。井泽怀疑这是一起杀人事件,于是拜托金田一找出真正的凶手。在神秘的黑魔法公馆中,金田一一行见到了社长的养子晓(及川以造 配音)、九曜(宫野真守 配音)、星子(朴璐美 配音)以及黑魔法师黑瓜鬼门。人人都有嫌疑,人人都有不在场证明,而死亡事件仍在继续…… 本片为金田一少年事件簿系列20周年纪念作品。