故事从一节星象课开始，主人公乔班尼是出生在贫苦人家的少年，他有一个值得信赖的好友，叫做柯贝内鲁拉。 孩子们盼望已久的星星节来临，乔班尼来到了远离城镇的气象轮山丘上，躺在草地上看着星空。然而身后的气象轮轴渐渐幻化成银河车站，等他反应过来时，他居然坐在一辆晃晃悠悠向前行驶的小列车上。这是一辆夜行轻便列车，他发现柯贝内鲁拉也在车上。他们乘坐着这列小火车，来到了如梦似幻的天上原野，看到迎风飘荡的芒草，还有美丽壮阔的银河…… 本片为日本CG大师加贺谷穰2006年的穹幕CG动画，改编自日本文学大师宫泽贤治的同名童话原作。
某天，阿笠博士通过灰原哀邀请少年侦探团的来他的研究所。当孩子们到达时，却得知阿笠博士被人绑架。原来，这只是博士跟大家做的小游戏，在第一关里，他提示少年侦探们需从三个不同的方向来某一地点与之会合。这样的考验对柯南来说自然不成问题，但对文太、步美和光彦三人来说却是一个大的挑战。经过柯南的提示，三人成功找到问题的关键，顺利抵达目的地，等待他们的则是博士的第二道问题。 另一方面，阿笠博士在设置游戏的过程中险些遭遇车祸，结果发现司机竟是绑匪，他也因此遭到劫持。绑架游戏弄假成真，少年侦探团最终能否成功救出博士呢？
Superjail是这个世界上最为庞大及残酷的监狱，它被建造了一座活火山上。这里每天都会发生骚乱与谋杀，却无人能够逃离这里。
