怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。
