故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……
勤工俭学一天有3份兼职的庆子（崔江熙 饰），和富二代的韩弼勋（朱元 饰）二人阴差阳错的因为一次相亲而相遇。弼勋喜欢射击、赛车和格斗，喜欢一切都够提升自己体力和身体素质的运动；而庆子则是个独立性极其强大正直无比的女性型。看似价值观很不一样的二人却共有一个梦想，那就是成为像007一般的人。二人的第二次相遇是在国情局的面试中，而二人都毫无疑问的通过的面试。于是一场既惊险又爆笑的特工故事就此正式拉开的序幕。而弼勋认为庆子是他命中注定的那个人，甚至连算命的都这么说。 但通往爱情的道路毕竟不是那么简单，而工作上的惊险虽然让二人直呼过瘾，但有时也不免疲惫和令人担忧。最终，故事的走向会如何呢？
