神遗大陆，百族争锋，武者为王。姜云曾是皇城天一武府武首，不想被夜天邪废掉武脉，天才变废人，不屈命运时，意外觉醒剑魂骨，在剑道之主剑妙禅的帮助下觉醒万古剑脉，成为凡尘域唯一的超凡剑修。原本打算潜心修行以便早日手刃仇人的姜云，被妻子的青梅竹马凌少风盯上，凌少风联合多个势力对付姜云，姜云为护妻子及唐家周全，奋力抵抗，最后不仅全面瓦解凌少风等恶势力，更揭开灵域企图侵占神遗大陆、灭掉人族的阴谋。为了人族的命运，姜云不得不暂时放下仇恨，与伙伴们携手抵抗灵域的攻击，共同拯救神遗大陆与保护人族。
在远离大都会的小山村，住着巫女世家出身的高中女孩宫水三叶（上白石萌音 配音）。校园和家庭的原因本就让她充满烦恼，而近一段时间发生的奇怪事件，又让三叶摸不清头脑。不知从何时起，三叶在梦中就会变成一个住在东京的高中男孩。那里有陌生的同学和朋友，有亲切的前辈和繁华的街道，一切都是如此诱人而真实。另一方面，住在东京的高中男孩立花泷（神木隆之介 配音）则总在梦里来到陌生的小山村，以女孩子的身份过着全新的生活。许是受那颗神秘彗星的影响，立花和三叶在梦中交换了身份。他们以他者的角度体验着对方的人生，这期间有愤怒、有欢笑也有暖心。只是两人并不知道，身份交换的背后隐藏着重大而锥心的秘密…… 本片为2016年度日本本土影片票房冠军。
延续TV版的主线剧情，继续讲述从战场回来的少女薇尔莉特·伊芙加登为了理解“爱”的含义而从事为有需要的人们写信传情的工作。薇妹一直挂念的少佐的下落大概率会在这部剧场版中讲述。
