和泉正宗（松冈祯丞 配音）是一名专注于创作轻小说的作家，曾经获得过新人奖，并就此踏上了写作的道路。不久之前，正宗开始了和没有血缘关系的妹妹和泉纱雾（藤田茜 配音）一起的同居生活，哪知道虽然住在同一屋檐下，但正宗几乎没有在家里看到过纱雾，因为纱雾是一个只待在自己房间里绝对不会出来的超级宅女。 负责给正宗的小说画插图的是一位名叫“情色漫画老师”的插画家，其画技之精湛令正宗深深折服，然而，情色漫画老师未曾有过以其真身示人之时，对于他隐藏在网络背后的真实面目，正宗有着诸多的猜测。然而，让正宗没有想到的是，这位插画家的真身，竟然就是妹妹纱雾！
本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。 杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开。
路德在天界是住在由罪犯的后代所居住的贫民窟里，他从小就被父母抛弃，后来被雷古特抚养长大。路德的双手不知为何有严重的烧伤，于是雷古德给了他一双手套遮住伤痕，而路德也非常珍惜这双手套。路德非常爱惜旧物，常常去天界人垃圾堆捡还可以修补的旧东西。但是有一天，一个神秘人闯入路德家并杀死了雷古特，路德被误认为是凶手，所以被判丢下奈落之刑罚，路德本来以为自己会死，没想到因此来到了下界……
