南宋年间,通古县前任县令为了一己私利,利用“河神”为幌子暗中掳掠儿童,百姓惶惶不安,在其蛊惑下纷纷相信用孩童祭祀“河神”可以平息灾祸。宋慈受命来到通古,向百姓一再申明祭祀河神纯属无稽之谈,并保证一定会查出事情真相,他的到来使得老县令感觉到了威胁。在老县令的授意下,其党羽对宋慈阳奉阴违,并暗中施以压迫,企图神不知鬼不觉的将宋慈了结。在一波接一波的危险降临在宋慈身上时,孩童还在不断失踪,这使得老百姓对宋慈失去了信任,逼宋慈赶紧祭河神。宋慈顶着多方的压力,抽丝剥茧地调查,利用自己高超的法医学手段让尸体“开口说话”,逐渐锁定了真凶,并发现了背后的巨大阴谋。最终,宋慈不惜以性命相搏将真凶绳之以法。
在人与妖怪之间过着忙碌日子的夏目,偶然与以前的同学结城重逢,由此回忆起了被妖怪缠身的苦涩记忆。此时,夏目认识了在归还名字的妖怪记忆中出现的女性·津村容莉枝。和玲子相识的她,现在和独子椋雄一同过着平稳的生活。夏目通过与他们的交流,心境也变得平和。但这对母子居住的城镇,却似乎潜伏着神秘的妖怪。在调查此事归来后,寄生于猫咪老师身体的“妖之种”,在藤原家的庭院中,一夜之间就长成树结出果实。而吃掉了与自己形状相似果实的猫咪老师,竟然分裂成了3个——!?