故事发生在未来世界，阿龙（黎明 饰）和阿强（张学友 饰）都是抓捕妖兽的特警队警员，但是上司（袁和平 饰）非常器重阿龙，而对阿强就戒心重重。阿强气不过在酒吧买醉，得到了女友（李若彤 饰）的支持宽慰。然而，他心头总是笼罩着阴影——原来阿强的母亲也是妖兽，后来他把这个隐秘告诉了阿龙。阿龙也坦白了自己跟妖兽幻姬（李嘉欣 饰）的一段感情…… 此后，阿龙在一次抓捕元大宗（仲代达矢 饰）的行动中，重逢了现已成为元妻的幻姬，情急之下却要引出重重误会。其实，元大宗是要跟人类合作的妖兽，但是另有一股液态妖兽正在肆虐地侵袭这个城市。在对抗液态妖兽的过程中，阿龙与幻姬的感情经历了生死的考验，但是元大宗的儿子鬼众道（张耀扬 饰）却设计离间意图消灭人类，与此同时阿强也发现了特警队的叛徒……
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
80年代末，政治风波席卷各地，在港的声援会主席欧阳卓为了将几个学生运到国外，找到退役大陆军人“大兵”李文（徐锦江 饰）、阿火（程小龙 饰）一伙去广州将学生们接回。本计划在香港大游行时趁火打劫的大兵一伙人惊悉游行取消，只得以80万的价格接下了欧阳卓的任务。
另一方面，保卫局干部袁左为了防止危险分子逃往国外，也一路南下紧紧追踪。大兵与袁左两方在边检站正面交火，成功逃回香港，但是处于香港政府监控下的欧阳卓无法将学生们送出，袁左携众多便衣亦进入香港，本欲求财的大兵一伙此时进退两难，而大兵本人此时萌发了豪情，决计不惜代价将学生们送出香港……
麦克（布鲁斯·威利斯 饰）是著名儿童心理学家，却也有始终未能治愈的患者，甚至因此遭到枪击，这名少年随后也饮枪自毙。这给麦克带来很大心理阴影，一年后他找到另一个症状很像这名患者的男孩柯尔（海利·乔·奥斯蒙 饰），并耐心的做起了他的医生。柯尔并不容易接近，但麦克还是慢慢赢得 了他的信任，得知了柯尔的秘密。原来柯尔有着灵异的第六感，可以看到鬼魂。虽然这令人感到难以置信，但麦克在证实了事情的真相后还是帮助柯尔接受了这个事实。可是就在问题即将得到解决的时候，麦克却在柯尔的引导下，发现了一个更令人震惊的秘密……
