2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。 6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。三年级的天野和美学姐驾驶技术高超、受人爱戴，被低年级学生称为“姐姐”。新来的教练太田先生来到学校，要挑选2名学生成为宇宙驾驶员。“姐姐”毫无悬念的入选，但缺少机器人驾驶经验的高屋法子竟然也入选了宇宙驾驶员！ 伴随着兴奋与疑惑，高屋法子开始了宇宙驾驶员的生活，但是令她始料未及的是，她的任务是驾驶机器人，与害死父亲的外星生物战斗。关系人类存亡的战斗责任，突然降临在少女高屋法子的身上，她的未来将如何谱写？
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怪盗基德的预告信出现在了北海道函馆，斧江财阀的收藏库中。这次基德将要盗走的是，江戸幕府时期新选组副长土方岁三的日本刀。向来追逐奢华宝石的怪盗基德，居然会看上刀？ 此时，被称作西部名侦探的服部平次和柯南一行人，也因为剑道大会来到了函馆，在基德执行预告的当日，平次看穿了基德的伪装并对其穷追不舍！ 同一时间，一具尸体在函馆仓库街被发现，尸体的胸口有一个十字伤口。搜查中，出现了一位被叫做“死之商人”的活跃于亚洲一带的美籍日裔军火商。这个人一直在寻找斧江家初代家主藏在函馆的宝藏。斧江家江戸幕府战争时代深耕军需产业，传说那宝藏是能扭转幕末纷争的强力武器，而这宝藏似乎和基德追逐欲盗取的刀有着千丝万缕的联系。在基德瞄准刀的同时，有一位剑士也在向基德逼近……
