故事聚焦惹人爱的废柴风筝人，他和新女友金色滑翔者兼职充当罪犯，以支持他们愚蠢的购买项目——哥谭最乌烟瘴气的廉价酒吧Noonan’s。在Lex Luthor的“末日军团”阴影下开一家酒吧，让风筝人和金色滑翔者的关系进入到了下一个阶段。没有人说过在阿卡姆疯人院之外为最危险的恶棍们提供啤酒会很容易，但有时候你会想去一个人人都知道你名字、人人都知道如何藏尸的地方。
为求仙药线索，一行人抵达统治岛屿的怪物"天仙"之居城。欲从岛屿生还，死囚与处刑人已不得不携手合作。与此同时，幕府以"山田浅卫门殊现"为首，下令增派人员登陆神仙乡。其中竟可见与画眉丸素有渊源的石隐众之身影。正当画眉丸等人欲尽快寻得仙药逃离孤岛之际，天仙们却拦住了他们的去路——围绕仙药的争夺，即将迎来"人类"与"天仙"的全面对决——！！
双眼失明的少年库诺的目标，就是用水系魔术做出新的双眼。学习魔法仅仅五个月，就超越教师实力的库诺，在这前所未有的挑战中，更加绽放了才能！用魔力感知周遭的色彩、透过水系魔术的应用，制作出怀炉与敷布，甚至只用初级魔术就重现了一只猫──其技术与构思，连宫廷魔术师都瞠目结舌，实力受到赏识的库诺，就此成为拥有极致手艺的魔技师的弟子！？以好奇心开拓世界，天才少年的发明奇幻故事！
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。 突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
