在那次事故之后，我妻由乃（村田知沙 配音）恢复了平常的生活。炎炎夏日，她所在的学校组织了海滨夏令营，在碧海蓝天之下，由乃和日野日向（松冈由贵 配音）、野野坂真央（由加奈 配音）、高坂王子（白石稔 配音）等好友快乐玩耍，享受着青春瞬间。然而在她心底，似乎依稀隐藏着对天野雪辉（富樫美铃 配音）的些许记忆。那一闪而过的片段，搅扰她的心神，以致无论如何也要弄清那名男孩的下落和踪迹。借着这份执念，她穿越层层时空，渐渐靠近时空之神Deus（若本规夫 配音）的所在地。下一位神的人选悬而未决，由乃的介入将会令事态如何发展？ 本片根据えすのサカエ的原作改编，为该系列动画的OAD版。
1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
