传奇海盗哥尔•D•罗杰在临死前曾留下关于其毕生的财富“One Piece”的消息，由此引得群雄并起，众海盗们为了这笔传说中的巨额财富展开争夺，各种势力、政权不断交替，整个世界进入了动荡混乱的“大海贼时代”。 生长在东海某小村庄的路飞受到海贼香克斯的精神指引，决定成为一名出色的海盗。为了达成这个目标，并找到万众瞩目的One Piece，路飞踏上艰苦的旅程。一路上他遇到了无数磨难，也结识了索隆、娜美、乌索普、香吉、罗宾等一众性格各异的好友。他们携手一同展开充满传奇色彩的大冒险…… 本片根据日本漫画家尾田荣一郎超人气漫画原作《One Piece》改编。
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
「被学妹给弄哭了……!!」某天放学后偶然去了图书室，却在那里被超级“抖S”学妹给盯上了！欺负、刁难学长，吵吵闹闹的她的名字是——『长瀞同学』！可恨却又可爱。饱受苦难却又想陪在她身边。这是让你的内心有什么东西觉醒的“S娇少女”的故事。
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……
