在一次意外中，乔纳森（兴津和幸 配音）的父亲乔斯达爵士（菅原正志 配音）被陌生少年迪奥布兰度（子安武人 配音）所救，善良的爵士收留了自称无依无靠的迪奥，后者则以养子的身份正式进入了乔斯达家族的大门。在他人的眼中，迪奥是一个优秀正直的少年，可是，只有经历过迪奥残酷欺辱的乔 纳森才知道，在迪奥光鲜的面具后面，隐藏着一颗邪恶的心。 果不其然，随着年龄的增长，迪奥开始觊觎起了乔斯达家族的庞大家产。无意间，迪奥发现了能够使人变得强大的石鬼面具，为了获得更多的财富和权力，迪奥毫不犹豫的带上了面具。在成为了恐怖的吸血鬼后，迪奥开始了对乔斯达家族的疯狂报复。为了替父亲和整个家族报仇，乔纳森开始修炼唯一能够打败吸血鬼的波纹气功，面对着强大的敌人及其党羽，乔纳森能够获得最终的胜利吗？
在国王军与魔王军交战的数月后，身为国王的女儿兼国王军第三骑士团“骑士团团长”的公主沦为了魔王军的阶下囚！等待公主的是出人意料的重重拷问——！？史上最残酷的拷问时间正式拉开了序幕！
故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。 在对“喰种”进行驱逐、研究的“CCG”，曾经率领“Quinx”小组的喰种搜查官“佐佐木琲世”。他正是行踪不明的眼罩喰种“金木研”。 另一方面，在成立了新体制的“CCG”，以旧多二福为中心，不安定的行动终于表面化…… 与“金木研”有关的故事，终于迈向最终章——。
