“上吧,修卡!!!!”即使到了40岁,东岛丹三郎仍然真心想成为假面骑士。然而,就在他几乎要放弃这个梦想的时候,被卷入了震惊社会的“伪修卡”抢劫事件……大人们极其认真的“假面骑士游戏”动作戏,正式开幕!
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查,发现是由人类未知的技术制造的物体,这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果,表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此,人型机动兵器:Personal Trooper的研究开始了。
森丘耕平(神谷浩史配音)是一名自由摄影师。某一日,在一处德国古堡拍摄的耕平意外的和被囚禁在其中的少女叶月(斎藤千和配音)相遇了。原来,叶月是吸血鬼,在吸了耕平的血后却意外的发现耕平是一名可以将她的念咒无效化的能力者。在误打误撞中,耕平破坏了古堡的封印,他和叶月得以重获自由。就这样,无依无靠的叶月住进了耕平的家。虽然个性有些任性,但叶月的善良和不谙世事打动了耕平,在她的身上,耕平仿佛看到了自己的影子。于是,耕平决定带领叶月,踏上替她寻找母亲的旅程。随着叶月的身世渐渐浮出水面,来路不明的敌人也接二连三的出现,在叶月和耕平的身上,究竟隐藏了什么不可告人的秘密呢?