这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
他们拥有梦想。 总有一天，飞向广阔天空的梦想。 知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。 遥远的未来。 人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。 在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。 孩子们就住在那里。 对外面的世界一无所知。 对自由的天空一无所知。 他们被告知的使命，只有战斗而已。 敌人是一切都被谜团覆盖的巨大生命体“叫龙”。 为了对抗尚未见过的敌人，孩子们乘上被称为“FRANXX”的机器人。 他们坚信，乘坐其中，就是对自己存在的证明。 有一位曾被称作神童的少年。 代号016。名字是广。 但他现在却跌落谷底。 是不被人需要的存在。 如果没有乘上FRANXX，就如同不存在一样。 在这样的广面前，某天，一位被称作02的神秘少女出现了。 她的额头，长着两根艳丽的角。 “——找到了哦，我的DARLING”
在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰…… 风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！
