在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。 变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
讲述了从玉叶妃怀孕开始后宫内势力图的变化，重镇、子昌的女儿、楼兰妃、壬氏的生命被威胁的事件，被认为是该事件主谋的翠苓的失踪等。
故事发生在一个架空的世界之中，邪龙“达钢索德”的频繁现身令整个世界都陷入了危机，魔导士们挺身而出，想要将邪龙封印。锡洛（松冈祯丞 配音）的父母便是其中的两位，不幸的是，封印任务失败了，锡洛就此成为孤儿。这段悲惨的遭遇让锡洛更加坚定了继承双亲遗志的决心，在16岁那一年，他踏上旅途，目标只有一个，就是封印邪龙为父母报仇。 一路上，锡洛遇见了形形色色的伙伴们。身世成迷的单纯少女萨拉特（市道真央 配音）、身手矫健特立独行的盗贼艾琳（内田真礼 配音）、成熟稳重身体强壮的麒鲁（楠大典 配音），在这些伙伴们的帮助和支持之下，锡洛在不断的成长着。
