圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。 参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。 卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...
住之江圭太是个临近高中升学考试的初中三年级男生。他在小时候由于父亲再婚，而和可爱的双胞胎姐妹·亚香和理香成为了姐弟。尽管没有血缘关系，三人也关系和睦地一同成长，但不知从何时开始，亚香和理香却似乎对圭太产生了恋情。看似是个认真的人、实际上是闷骚类型的亚香，以及虽然说话很冷淡、内在却很积极的理香。被两人所逼近的圭太，陷入了并非是由于应考学习所导致的、另一种意义上的困境。
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量，陆续收购IT相关的风险投资企业，扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现，宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场，然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
