故事发生在东京八丈岛近海，这里建成了一座连接了全球各地警方监控摄像的海洋设施“太平洋浮标”。在这座设施正式启动之前，为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，世界各国的IT工程师来到现场。而与此同时，一项应用了人脸识别系统的“新技术”的测试也在进行中…… 另一方面，柯南和少年侦探团在园子的招待下来到八丈岛赏鲸。此时，柯南接到来自冲矢昂（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”进行警备工作的黑田兵卫等警视厅人员乘坐的警备艇中，进入设施内部。之后，在为系统启动而稳步展开准备工作的设施内，发生了案件——一名女性工程遭到黑衣组织的绑架，而她手中装有某些情报的U盘也落到了黑衣组织的手里。 海中传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。而此时身在八丈岛的灰原哀身边，也正有黑影在悄悄靠近……
时值19世纪，在英国名门贵族凡多姆海伍家，有一位神秘、优雅、十全十美的执事，他就是“黑执事” 塞巴斯蒂安。虽然塞巴斯蒂安总是淡淡地说： “我只是一名执事罢了”，但举止、知识、品味、料理、武术等等没有任何事能难得倒他！塞巴斯蒂安的主人，是年仅12岁就位居凡多姆海伍家族的当主——夏尔。夏尔不仅只花了短短3年的时间，就让凡多姆公司成为英国最大的零食玩具制造商，更在台面下为女王执行秘密任务，因此又被称为“邪恶贵族”！塞巴斯蒂安除了负责照顾谢尔的日常生活起居之外，还得帮成事不足、败事有余的家仆们收拾善后。最重要的是，塞巴斯蒂安必须因应谢尔各种任性的要求，优雅达成不可能的任务！“身为 凡多姆海恩家的执事，怎能连这点小事也办不到？”为了主人夏尔，塞巴斯蒂安将尽心服侍、实现主人所有的愿望。
在距現在不遠的未來東京--- 隨著這時代科技的進步, 人們已開始使用氫氣電池及人型機器人了 雖然技術進步了,但犯罪檢舉率卻相反的降低,失業率上升等等的社會不安定也不斷增加 外觀和現在林立的都市一樣....但, 實際上街道已經被混亂的陰影所?#092;罩了 以這樣的東京為舞台,海空來,原田及黑川三人一起經營了一間通稱DSA的危險代理 公司(DANGER SERVICE AGENCY),這間公司不管委託的工作是合法或不合法,都會 接受代理 喜歡李小龍的美少女『海空來（みくら）』 怪異科學技術工程師『原田（はらだ）』 曾經是刑警 患上麵類中毒的老伯『?#092;川（くろかわ）』 他們一起住的大樓屋頂的公司的辦公室兼住宅改建的倫敦巴士是他們的基地、 採取「不接既賣命不賺錢的委託」主義的DSA,為何接到的委託,都會變成亡命工作呢!? 海空來的飛踢咆哮,原田的槍冒著火,黑川品嚐著烏龍麵 ...然而今天三個人的生命是, 風中燭火?!
