在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。
刘苹果（范冰冰饰）在北京一家洗脚城里做按摩妹，丈夫安坤（佟大为饰）是负责清洗高楼落地窗的工人，二人生活贫困，却相亲相爱。 洗脚城老板林东（梁家辉饰）是个好色的港商，时常找不同小姐满足生理需要。老婆王梅（金燕玲饰）不能生育，经营一家美容院，两人感情冷淡。 一日刘苹果的好友小妹因为得罪客人而被开除，二人喝得酩酊大醉。神志混乱的苹果误打误撞走到一间足浴客房，正好是林东的休息室，二人发生关系，却被正在刷窗的安坤看到。 安坤欲借此敲诈林东，并前去找王梅谈判，愤怒的王梅要林东也尝尝“戴绿帽”的滋味，于是与安坤发生关系。 而在这时，一个更大的变故产生。苹果怀孕了，而到底谁才是这个孩子的父亲成了林东与安坤赌博的筹码，四人签订协议，如果是林东的骨肉，他将给二人十二万元的补偿费，而如果是安坤的，则双方互不相欠......
太平洋雨夜，海滩尸骸遍野，货船遭巨兽撕碎，灾难预兆降临。边郊监狱内，死刑犯乌川临刑前夜遇史前大蛇袭击，混乱中越狱，却在唐人街被女警秦雅擒获。 恰逢驲珲化工爆发蛇灾，乌川母亲被困车间，他拒捕欲救人，此时各类史前怪兽肆虐，城市沦为炼狱。二人与幸存者躲进超市，合力斩杀潜藏怪物。众人查明，驲珲化工违规排海才引生物报复。 吴川挺身营救母亲与幸存者，击败大蛇阻止二次污染
