从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
恶棍们想利用龙的生命力为非作歹,两个来自不同世界的少年用他们新获得的忍者力量保护龙免受侵害。