这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁,以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是,由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现,艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
与假面骑士Thousand Ark的游戏中取得胜利的檀黎斗借着幻梦无双卡带的力量,陆续收购IT相关的风险投资企业,扩大幻Corporation。但随后Smart Brain的形象女郎兼社长秘Smart Queen出现,宣告已经完成了幻梦Corporation的收购。其目的是黎斗创造游戏的力量。 黎斗拿着幻梦无双卡带逃离现场,然而电池耗尽令他静止了。 而救助黎斗的是意外的人物ーーー。
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外,还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际,他们决定要攻进帕拉迪岛,把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……