一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
和平美丽的泰若星上女孩马拉（埃文•蕾切尔•伍德 Evan Rachel Wood 饰）与同伴塞恩（贾斯汀•朗恩 Justin Long 饰）在滑翔比赛游戏时突遇地球战舰，善良的泰若星人以为神明降临，结果竟被抓走，包括马拉的父亲。马拉驾驶滑艇将一架人类战机引入风洞，却好心救下中尉吉姆（卢克•威尔森 Luke Wilson 饰）和机器人吉蒂（大卫•克洛斯 David Cross 饰）。为了救回父亲，马拉帮吉姆修好了战机零件，并随吉姆和吉蒂进入人类战舰，却只发现汉默尔将军（布莱恩•考克斯 Brian Cox 饰）一意孤行决定占领泰若星，改造大气层，同时杀死全部泰若星生物。一场大战不可避免，泰若星过去的秘密也终被揭示出来…… 本片获2008年加拿大渥太华国际动画电影节最佳动画电影大奖。
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